深圳市职业健康协会根据开展的业务，设置综合部、技术考核部和事业发展部共3个工作部门，主要职责分工如下：
一、综合部
1.负责协调协会各部门工作运转程序，拟订并组织实施协会各项工作管理制度；
2.负责会员代表大会、理事会议的组织工作；
3.负责协会与内外有关部门、单位的联系协调工作；
4.负责专家组的日常联系；
5.负责协会年度工作总结、年度工作计划的汇总，重大事项的资料收集和整理工作；
6.负责协会对外宣传的统一管理与协调，开展行业宣传，建立通联制度；
7.负责协会财务及日常事务管理工作；
8.负责协会文书、文秘、公文和业务档案的统一管理；
9.负责协会固定资产、办公用品、低值易耗品的管理；
10.承办协会领导交办的其他工作。
二、技术考核部
1.负责职业健康检查机构资质认可、建设项目职业病危害预评价报告备案或审核以及职业卫生技术服务机构丙级资质认可的审批工作；
2.负责组织开展会员单位及行业有关单位负责人、技术负责人、质量负责人和相关人员的培训工作；
3.负责推广新成果、新技术和新产品，促进职业健康技术相关产业发展等工作；
4.负责组织专家对受委托单位进行评审工作；
5.负责评价报告书的抽检、评比工作；
6.承办协会领导交办的其他工作。
三、事业发展部
1.负责协调协会有关单位建立健全自律机制，规范职业健康活动行为，加强行业自律和职业道德建设；
2.负责组织开展有关职业健康发展的调研工作，根据行业发展需要或会员的要求，提供职业健康咨询和建议；
3.负责开展职业健康科学技术的对内外交流与合作，建立并完善职业健康信息管理平台；
4.负责协会网站建设、维护与管理，负责工作简报、会刊编辑与发行；
5.负责推进职业健康教育培训和科普宣传工作，开展和承担职业健康公益活动，组织开展对职业健康工作者的继续教育；
6.负责相关机构和人员的准入培训、认证、审定和评定；
7.承办协会领导交办的其他工作。